2022年是不平凡的一年，神州大地新冠疫情此起彼伏，從未間斷。嘉興作為長(zhǎng)三角城市群重要城市，交通便利，人員流動(dòng)大，面臨的疫情輸入風(fēng)險(xiǎn)極高。一年下來，大大小小的疫情已達(dá)幾十起。新冠奧密克戎毒株臨床癥狀不典型，并且存在隱匿傳播，病毒的種種特征為流行病學(xué)的調(diào)查帶來了極大的難度。為了克服這種困難，只好從分子流行病學(xué)的角度入手。為了給現(xiàn)場(chǎng)流調(diào)提供實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支撐，嘉興市疾病預(yù)防控制中心微生物檢驗(yàn)科開展了三代測(cè)序數(shù)十余次，測(cè)序標(biāo)本300余份，獲得完整新冠病毒全基因組序列近150條。為快速準(zhǔn)確的鎖定傳染源，分析傳播路徑提供了大量的分子流行病學(xué)證據(jù)。

       一、面對(duì)重重疫情，中心實(shí)驗(yàn)室抽絲剝繭，還原傳播真相。

       今年2月起，嘉興周邊地區(qū)新冠肺炎陽性感染者呈迅猛增長(zhǎng)之勢(shì)，讓地處長(zhǎng)三角腹地的嘉興危機(jī)重重。但是詭譎的新冠病毒還是以迅雷不及掩耳之勢(shì)撕開了嘉興的防線。2022年3月5日，嘉善縣在“愿檢盡檢”中檢出1例本地新冠肺炎陽性感染者。由于來源不明，嘉興市疾控中心領(lǐng)導(dǎo)要求第一時(shí)間開展病毒基因測(cè)序。微生物檢驗(yàn)科工作人員立即響應(yīng)，開展病毒全基因組三代測(cè)序，證實(shí)為新冠病毒奧密克戎變異株BA.2.2分支，為外省輸入引發(fā)的嘉興本土首起奧密克戎新冠疫情病例，自此，嘉興全市開始出現(xiàn)了新冠奧密克戎株疫情多點(diǎn)散發(fā)的態(tài)勢(shì)。

       3月11日，海寧市許村鎮(zhèn)檢出本地新冠肺炎陽性感染者。3月13日，平湖市通報(bào)1例新冠肺炎感染者。3月28日，嘉興經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)再報(bào)告新增4例陽性感染者，且與水果市場(chǎng)和蔬菜批發(fā)交易市場(chǎng)相關(guān)。嘉興各地 “戰(zhàn)事”不斷，為了給疫情溯源提供線索，疾控中心檢驗(yàn)科的工作人員基因測(cè)序工作就一直沒有停過。僅3月份就開展了11個(gè)批次測(cè)序，成功獲得98條病毒全基因組序列，并將部分序列提交GIASID全球共享基因庫。由于測(cè)序工作步驟繁瑣，周期長(zhǎng)，每一步的操作細(xì)節(jié)都會(huì)直接影響后續(xù)結(jié)果，對(duì)于工作人員的身心都是巨大考驗(yàn)。但是為了獲取“第一手資料”，工作人員往往是放棄休息，開夜工，連續(xù)作戰(zhàn)，全力以赴開展新冠病毒基因測(cè)序。

       5月初，正值小長(zhǎng)假，嘉善縣又突發(fā)疫情，5月1日，5月3日，5月8日分別爆發(fā)了三起疫情，并且涉及學(xué)校等重點(diǎn)場(chǎng)所。傳染來源不明，鏈條不清晰，給現(xiàn)場(chǎng)流行病學(xué)的處置帶來極大困難。中心檢驗(yàn)科同事分別對(duì)3起疫情的人員做了三代測(cè)序。通過對(duì)病毒全基因組序列變異位點(diǎn)的精準(zhǔn)分析，判定3起疫情為相互獨(dú)立的事件，解決了現(xiàn)場(chǎng)流調(diào)工作中的難點(diǎn)與疑點(diǎn)，為現(xiàn)場(chǎng)流調(diào)工作捋清了思路。10月24日，中心實(shí)驗(yàn)室又檢測(cè)出新的突變株BF.7，為及時(shí)追蹤病毒變異提供了方向。

       二、邊戰(zhàn)邊練，持續(xù)加強(qiáng)測(cè)序、溯源比對(duì)，生信分析的能力提升。

       三代測(cè)序是近些年測(cè)序領(lǐng)域發(fā)展起來的新技術(shù)，具有讀長(zhǎng)較長(zhǎng)，測(cè)序時(shí)間短等特點(diǎn)。中心微生物檢驗(yàn)科通過學(xué)習(xí)和實(shí)踐快速掌握了這項(xiàng)較為復(fù)雜的技術(shù)，并且能夠通過生信分析對(duì)序列開展比對(duì)和溯源。基因測(cè)序是對(duì)流行病學(xué)調(diào)查的充分補(bǔ)充，能夠“透過現(xiàn)象看本質(zhì)”。在流調(diào)數(shù)據(jù)不完整的情況下，能為分析疫情傳播鏈起到關(guān)鍵作用。

       每一次接到任務(wù)，檢驗(yàn)科的工作人員都是馬不停蹄地開始實(shí)驗(yàn)。試劑準(zhǔn)備，基因擴(kuò)增，文庫構(gòu)建，上機(jī)測(cè)序，每個(gè)步驟都要求工作人員做到“無縫銜接”。做完實(shí)驗(yàn)，都已經(jīng)是后半夜，但是工作人員還是不能停歇，因?yàn)楹罄m(xù)的數(shù)據(jù)分析同樣非常關(guān)鍵。通過序列拼接，生物信息學(xué)分析以及同源性比對(duì)等工作。搞清了傳染來源，理清了傳播鏈條，工作才算真正結(jié)束。

       一份份鼻咽拭子標(biāo)本，一條條準(zhǔn)確無誤的基因序列是工作人員日夜奮戰(zhàn)的“戰(zhàn)疫”成果。通過全基因組測(cè)序，不僅使病毒基因內(nèi)部細(xì)節(jié)得以重現(xiàn)，同時(shí)幫助流調(diào)人員梳理傳播鏈條，迅速排查潛在的風(fēng)險(xiǎn)，精準(zhǔn)鎖定密接人員，在一次次的嘉興疫情防控阻擊戰(zhàn)中發(fā)揮了分子追溯、精準(zhǔn)防控的突出作用，為病例的流行病學(xué)調(diào)查提供了強(qiáng)有力的技術(shù)支撐。（微生物檢驗(yàn)科 呂沈聰）